Le syndrome du museau blanc, cette maladie fongique faisant des ravages dans les populations de chauves-souris en Amérique du Nord, fait rage depuis maintenant 14 ans au Québec. Sa présence est connue dans 40 états américains et 8 provinces canadiennes. Affectant les hibernacles, son taux de mortalité est de 90 à 100%. Portant le regard sur trois espèces gravement touchées, Myotis septentrionalis, Myotis lucifugus et Perimyotis subflavus, un déclin de plus de 90% fut observé entre elles.
Une autre espèce québécoise est affectée par ce fongus, la grande chauve-souris brune. Heureusement, elle n'est pas aussi affectée que ses comparses. Par sa grande tolérance en une variabilité de disposition, Eptesicus fuscus a la possibilité d'hiberner dans des endroits plus secs et plus froids étant inadapté à la propagation de Pseudogymnoascus destructans, soit le fongus en question. En un même secteur, lors d'une étude de l'université Fordham en 2014, il fut démontré que 60 à 90% du dénombrement de M. lucifugus, M. septentrionalis et P. subflavus avait péri lors d'une capture au filet alors que E. fuscus fut peu affecté. De plus, l'observation faite dans une même caverne où les différentes populations d'espèces furent observées ayant le syndrome du museau blanc a démontré que la grande chauve-souris brune avait conservé près du double de sa masse graisseuse comparativement aux autres résidentes.
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